Цисты лямблий устойчивы и способны сохраняться во внешней среде до 66 дней при условии увлажнения. Оптимальными являются температура 2 – 6 °С и относительная влажность воздуха 80 – 100%. В водопроводной и прудовой воде цисты лямблий выживают в течение 1 – 3 месяцев при температуре воды от 4 до 20 °С. В сточной воде в летнее время цисты лямблий выживают до 3 – 4 месяцев. На продуктах питания цисты сохраняются жизнеспособными несколько часов, а при большой влажности продукта и до нескольких суток.
Кипячение приводит к мгновенной гибели цист, при температуре 55 °С цисты погибают через 5 минут. Высушивание на воздухе в течение 24 ч приводит к полной гибели цист лямблий. Ультрафиолетовое излучение убивает цисты лямблий в окружающей среде при дозе облучения не менее 40 мДж/кв. см. Цисты лямблий более устойчивы к действию хлора, чем колиформные бактерии. Концентрации хлора, рекомендуемые для бактериального обеззараживания воды, неэффективны по отношению к цистам лямблий.