Главной проблемой Программы государственных гарантий оказания населению бесплатной медицинской помощи является несбалансированность объемов помощи с имеющимися финансовыми ресурсами. Это приводит к снижению доступности для значительной части населения и способствует увеличению числа случаев медицинской помощи ненадлежащего качества Размеры государственного финансирования здравоохранения, сократившиеся более чем на треть в 90-е годы, стали увеличиваться с 2000 года, но не достигли уровня пятнадцатилетней давности.
При потребности в финансировании Программы государственных гарантий в Российской Федерации на 2004 год в 483,3 млрд. рублей фактически израсходовано 435,2 млрд. рублей. Дефицит финансирования Программы государственных гарантий в 2004 году в Российской Федерации составил 48,1 млрд. рублей, или 10% от потребности.
Продолжает сокращаться доля расходов на здравоохранение по отношению к валовому внутреннему продукту с 2,9% в 2003 году до 2,8% в 2004 году.
В структуре государственных расходов на здравоохранение в 2004 году расходы консолидированных бюджетов субъектов Российской Федерации составили 241,9 млрд. руб. (50,4%), средства системы обязательного медицинского страхования - 191,8 млрд. руб. (40%) и средства федерального бюджета - 45,9 млрд. руб. (9,6%). В целом расходы из государственных источников финансирования на здравоохранение составили 479,6 млрд. руб., что в расчете на одного жителя равно 3325,2 руб. (2003 год -2735,0 руб.).
Сохраняется разрыв между декларируемыми и реальными экономическими условиями получения медицинской помощи. Финансирование оказания медицинской помощи в значительной мере переносится на самих граждан и работодателей. Расходы населения на лекарственные средства и медицинские услуги устойчиво растут высокими темпами. Несмотря на рост государственного финансирования здравоохранения в последние годы нарастание платности медицинской помощи усиливается.
Происходит нерегулируемое замещение государственных расходов частными, снижение качества бесплатной медицинской помощи. В наибольшей мере от этого страдают малообеспеченные слои населения. Увеличивается неравенство возможностей различных социальных групп в получении медицинской помощи надлежащего качества.
Проблема усугубляется тем, что подходы к финансированию государственных гарантий оказания медицинской помощи населению не позволяют четко определить зависимость оплаты качества помощи, которая должна бесплатно предоставляться гражданам. Поэтому без конкретизации государственных гарантий медицинской помощи, критериев ее качества разграничения медицинской помощи на бесплатные и платные медицинские услуги уже нельзя рассчитывать на то, что проблему разрыва между гарантиями и их финансовым обеспечением можно решить лишь путем увеличения размеров государственного финансирования здравоохранения.