Это воззвание зачитывалось во всех храмах. На средства церкви были созданы эскадрилья самолетов имени Александра Невского и танковая колонна имени Дмитрия Донского. К концу 1944 года сумма взносов от Русской православной церкви на оборону составляла 150 миллионов рублей.
Патриотизм верующих и вся суровая действительность военных лет заставили Сталина и правительство изменить отношение к религиозным культам и, в первую очередь, к Русской православной церкви. Это сразу же отразилось на положении Войно-Ясенецкого — его переселили в лучшую квартиру, обеспечили хорошей одеждой и питанием. В марте 1943 года была открыта первая маленькая церковь в Николаевке (пригород Красноярска), и ссыльный епископ Лука был назначен красноярским епископом, Войно-Ясенецкий участвует в соборе епископов Русской православной церкви, созванном 8 сентября 1943 года, и избирается постоянным членом священного синода. Священный синод возводит его в ранг архиепископа, приравняв лечение раненых “к доблестному архиерейскому служению”.
В начале 1944 года часть эвакогоспиталей была переброшена из Красноярска в Тамбов. Вместе с ними переехал в Тамбов и Войно-Ясенецкий, получивший одновременно перевод и по церковной линии, возглавив тамбовскую епархию.
С первых дней работы в эвакогоспиталях Войно-Ясенецкий — активный участник многочисленных совещаний и конференций врачей эвакогоспиталей, на которых он упорно пропагандирует возможно раннее радикальное оперативное лечение раневых остеомиелитов.Вот каким запомнился знаменитый профессор кандидату медицинских наук В.А.Полякову на одном из совещаний: “Собралось много народа. Все расселись по своим местам, а за столом президиума уже поднялся председательствующий, чтобы объявить название доклада.
Но вдруг широко открылись обе створки двери, и в зал вошел человек огромного роста, в очках. Его седые волосы ниспадали до плеч. Легкая, прозрачная, белая кружевная борода покоилась на груди. Губы под усами были крепко сжаты. Большие белые руки перебирали черные матовые четки.
Человек медленно вошел в зал и сел в первом ряду. Председательствующий обратился к нему с просьбой занять место в президиуме. Он поднялся, прошел на подмостки и сел в предложенное ему кресло.
Это был профессор Валентин Феликсович Войно-Ясенецкий”.
Несмотря на возраст и ухудшившееся здоровье, особенно зрение, Валентин Феликсович продолжал активно работать как в медицине, так и на религиозном поприще. В 1943-45 гг. в “Журнале Московской Патриархии” он публикует несколько статей и проповедей, в которых жгучими и вдохновенными словами призывает верующих бороться с гитлеровскими захватчиками.
В ноябре 1945 года Войно-Ясенецкий отправляется в Москву. Дорога из Тамбова в столицу, несмотря на небольшое расстояние, была долгой. Поезда двигались медленно, с частыми остановками. Вдоль железнодорожного полотна то и дело виднелись искореженные железнодорожные вагоны и паровозы, разрушенные водокачки и станционные здания — следы бомбежек. Ветхие вагоны были переполнены пассажирами; преобладали военные, демобилизованные, выписанные из госпиталей раненые. С болью в сердце смотрел Валентин Феликсович на мелькавшую перед окнами израненную страну, особенно бросались в глаза калеки — без рук, без ног, слепые . и дети-сироты. На них не мог он спокойно смотреть.
Глядя на последствия войны, Войно-Ясенецкий не представлял себе, как могут священнослужители Ватикана просить о помилование главных фашистских военных преступников, приговоренных к смертной казни на Нюрнбергском процессе. Сообщения об этом появились в последних номерах газет. Так зародилась и была быстро написана статья “Возмездие свершилось”, в которой он в резких тонах критикует папу римского Пия XII за его обращение к международному трибуналу с просьбой о помиловании. “Страшные люди, поставившие себе целью истребить евреев, уморить голодом, задушить в “душегубках” миллионы поляков, украинцев, белорусов, а всех остальных обратить в рабство, неужели научатся правде, если будут помилованы?” — вопрошает он. Однажды в Москве Войно-Ясенецкий посещает выдающегося советского хирурга Сергея Сергеевича Юдина, с которым его связывала завязавшаяся в военные годы дружба во время непродолжительных встреч на конференциях и совещаниях.Валентин Феликсович знакомится с работой Института скорой помощи им.Склифосовского, присутствует на операциях Сергея Сергеевича и в последний день последнего военного года, 31 декабря, оставляет в альбоме почетных посетителей следующую запись: “Хирург в прошлом блестящему хирургу настоящего и будущего профессору С.С.Юдину. Свидетельствую свое восхищение его блестящей техникой и неисчерпаемой энергией в строительстве новой хирургии нашей великой Родины”.