После шестилетнего перерыва, в 1921 году Валентин Феликсович делает сообщение на заседании Ташкентского медицинского общества о своем способе операции при абсцессах печени. Пытаясь изучить механизм возникновения нагноительных процессов в реберных хрящах после сыпного тифа, Войно-Ясенецкий совместно с врачом-бактериологом Гусельниковым проводит исследования, которые позволили ему с трибуны I съезда врачей Туркестанской республики в октябре 1922 года пророчески предсказать, что “в будущем бактериология сделает ненужными очень многие отделы оперативной хирургии”. На этом съезде Войно-Ясенецкий представляет четыре доклада, в которых обсуждаются собственные наблюдения и выводы о хирургическом лечении туберкулеза, гнойных воспалительных процессов коленного сустава, сухожилий рук, реберных хрящей. Нестандартные решения вызывали в прениях бурные споры. Размеры холстов для живописи стандартные размеры форматов холстов.
Впервые в республике Войно-Ясенецкий сообщает о поразительных результатах лечения костного туберкулеза, достигнутых солнцелечением в высоких горах, и считает, “что в столь близких от Ташкента Чимганских горах условия для солнцелечения нисколько не хуже, чем в Швейцарии. Должны быть использованы и могучие по действию грязи в Молла-Кора и Яны-Кургане и купания на Аральском море”.
Блестящий мастер хирургических операций на органах зрения, предложивший свою оригинальную методику удаления слезного мешка, он обращается к делегатам съезда со страстным призывом, направленным на действенную борьбу с распространенной среди местного населения трахомой—основной причиной слепоты: “Было бы делом огромной важности организовать очень кратковременные курсы для врачей, на которых они познакомились бы с производством разреза роговицы . выпущенном слезного мешка и пересадкой слизистой на веко. Эти 3 операции вполне доступны каждому практическому врачу в самых глухих углах”.
Оба предложения профессора Войно-Ясенецкого нашли свое отражение в резолюции I научного съезда врачей Туркестана, профессорам Турбину и Войно-Ясенецкому было поручено составить краткое практическое руководство для врачей по глазным болезням.
Быстро пролетела неделя интересных встреч, обмена мнениями, горячих споров. И снова суровые будни 20-х годов, когда продолжал рушиться старый и в нелегкой борьбе создавался новый общественный строй. В это бурное и сложное время многие руководители наивно полагали, что атеистическая пропаганда, осмеивание церкви в сочетании с административными мерами принуждения быстро сделают большинство верующих атеистами. Оказалось наоборот. Закрытие церквей, сбрасывание колоколов, разрушение храмов только ожесточали сердца верующих, ибо карательные акции были чрезмерными, грубыми и нередко необоснованными. Эти ошибки и просчеты в отношении религии тотчас же использовались контрреволюционными элементами, в том числе и некоторыми служителями церкви, которые тайком и открыто выступали с антисоветскими проповедями, оказывали помощь врагам Советской власти. Конфликт между новым общественным строем и православной церковью разрастался. В 1923 году резко усилились гонения на церковь: арестован патриарх Тихон, провозгласивший с амвона анафему Советской власти, из-за разногласий в правящих церковных кругах покинул Ташкент епископ Иннокентий. Тогда сосланный в Среднюю Азию епископ Андрей (Князь Ухтомский) предложил В.Ф.Войно-Ясенецкому возглавить в Туркестанском крае русскую православную церковь.
Этот выбор был сделан не случайно. Валентин Феликсович был не только религиозный до фанатизма священнослужитель, прекрасно знающий священное писание и кристально честный человек, но и замечательный хирург-бессребреник, имеющий огромный авторитет не только у населения, но и у властей.
Войно-Ясенецкий был пострижен в монахи под именем Луки, так как, по преданию, евангелист и апостол Лука был иконописцем и врачом. Вскоре, 31 мая 1923 года, в г.Пенджикенте (Таджикистан) В.Ф.Войно-Ясенецкий после посвящения стал епископом Ташкентским и Туркестанским.
Но высокая церковная должность не оторвала Валентина Феликсовича от медицины. Он продолжал работать главным врачом больницы, много оперировал, руководил кафедрой в медицинском институте и еще выкраивал время для своих научных исследований. Для религиозных дел оставались вечера и воскресенье.
В одном из писем Войно-Ясенецкий писал: “Не пробуйте разделить хирурга и епископа. Образ, разделенный надвое, неизбежно окажется ложным”.
Но жизнь вносила свои коррективы. Вскоре это зыбкое равновесие между медициной и религией было нарушено. Посетивший хирургическое отделение городской больницы тогдашний комиссар здравоохранения Л.И.Гельфгот обратил внимание на висевшую в операционной небольшую икону-образок и приказал ее снять, что было немедленно сделано.