В место ссылки — село Большая Мурта, расположенное в 110 км от Красноярска, Войно-Ясенецкий попал в марте 1940 года и был назначен хирургом в районную больницу. Это была уже третья ссылка . Жил в небольшой каморке, питался впроголодь. Особенно угнетало отсутствие церкви в этом селе. До сих пор в Красноярске проживает врач, Б.И.Ханенко, который помнит Валентина Феликсовича по Большой Мурте: “Все его звали “отец Лука”. Внешне суровый, строгий, он был справедливым и человечным. Вставал в 5 утра, молился перед иконой. Перед операцией крестился, крестил больного и приговаривал: “Все, что от меня зависит, обещаю сделать, остальное — от бога”.
Однажды тяжело заболел профессор Томского медицинского института Федоров. Диагноз — тромбофлебит вен нижних конечностей ног. Лечившие его врачи видели только один выход — ампутацию. Слава ссыльного профессора уже вышла за пределы Красноярского края и дошла до Томска. Войно-Ясенецкого пригласили к больному, и местные власти дали разрешение на эту поездку. В клинике прошел слух — приехал поп из Большой Мурты лечить Федорова. Валентин Феликсович, осмотрев больного, сказал: “Ампутацию произвести никогда не поздно”. И назначил лечение. Чем и как лечил он профессора Федорова, я не помню, но знаю, что больной выздоровел и еще долго работал”.
С первых дней Великой Отечественной войны Войно-Ясенецкий буквально “бомбардирует” начальство всех рангов с требованием предоставить ему возможность лечить раненых. По воспоминаниям И.М.Назарова, бывшего начальника Енисейского пароходства, он отправил Калинину телеграмму следующего содержания: “Я епископ Лука, профессор Войно-Ясенецкий, отбываю ссылку в поселке Большая Мурта Красноярского края. Являюсь специалистом по гнойной хирургии, могу оказать помощь воинам в условиях фронта и тыла, где мне будет доверено. Прошу ссылку мою прервать и направить в госпиталь. По окончании войны готов вернуться в ссылку. Епископ Лука”.
Наконец разрешение было получено. 30 сентября 1941 года ссыльный профессор Войно-Ясенецкий переводится в г.Красноярск для работы консультантом в многочисленных госпиталях, имевших более 10000 коек. Начальство отнеслось к Валентину Феликсовичу настороженно — все-таки ссыльный поп. А в каморке, в которой его поселили, иконы на стене, а на столе — портрет Ленина. Это необычное сочетание вполне объяснялось его взглядами, о которых поведала работавшая в те годы с Валентином Феликсовичем врач-хирург Валентина Николаевна Зиновьева: “Он часто говорил, что и у Ленина и в религии есть что-то общее в морально-эстетическом вопросе”. С первых же дней работы в Красноярских госпиталях он трудился самозабвенно. Много оперировал, все свои силы и знания отдавал обучению молодых хирургов и, как всегда, тяжело переживал каждую смерть. Питался плохо, часто не успевал даже получать продовольствие по своим карточкам.
Все трудности и несправедливости последних лет, обрушившиеся на него, не убили в профессоре пытливого исследователя. Войно-Ясенецкий один из первых в Великую Отечественную войну указывает на необходимость раннего и радикального лечения остеомиелитов, осложняющих ранения костей. “Лечение тяжелых осложнений гнойной инфекцией ран суставов является одной из важнейших задач тыловых госпиталей”, — пишет он в кратком вступлении к своей новой книге “Поздние резекции при инфицированных огнестрельных ранениях суставов”, изданной в 1944 году. Эта книга становится незаменимым пособием для хирургов страны. Благодаря Войно-Ясенецкому тысячам и тысячам раненых не только была спасена жизнь, но и возвращена ни с чем не сравнимая радость самостоятельного передвижения. Часто в палатах выздоравливающие встречали старого профессора необычным, но выразительным приветствием — поднимая ранее искалеченные и недвижимые конечности.
Наконец была закончена переработка “Очерков гнойной хирургии”, объем которых увеличился более чем в полтора раза. Книга была завершена в 1943-м, но издать ее удалось только в 1946 году. Первые годы Великой Отечественной войны убедительно показали, что религиозность вполне сочетается с патриотизмом и гражданским мужеством.
Уже 22 июня 1941 года митрополит Московский и Коломенский Сергий обратился с проникновенным воззванием к верующим, в котором, в частности, сказал: “Отечество защищается оружием и общим народным подвигом . тут есть дело рабочим, крестьянам, ученым, женщинам и мужчинам, юношам и старикам. Всякий может и должен внести в общий подвиг свою долю труда . Православная Церковь всегда разделяла судьбу народа . не оставит она свой народ и теперь . благословляет она православных на защиту священных границ нашей Родины .”