Войно-Ясенецкий очень тяжело переживал эту неожиданную смерть. Казалось бы, ему, глубоко религиозному человеку, легче всего было бы сослаться на волю божью, когда исход операции был предопределен свыше, и этим успокоить себя. Но нравственные позиции Валентина Феликсовича выступали против этого: во всех научных трудах он подчеркивает, что исход болезни в огромной мере зависит от знаний и искусства врача. Поэтому со всеми своими неудачами, трагическими случаями, неожиданными трудностями, встретившимися во время операции, он старался ознакомить врачей, чтобы таких ситуаций было как можно меньше.
Перемена климата, хорошее питание, обилие овощей и фруктов, особенно виноградолечение, рекомендованное доктором М.И.Слонимом, временно улучшили состояние здоровья Анны Васильевны. Это позволило Валентину Феликсовичу отдаться целиком любимому делу. Помимо забот главного врача, интенсивной хирургической деятельности, он много работал в морге, изучая пути распространения гнойных процессов, а на церковь уже не оставалось времени, и посещения ее в 1917-1918 годах были редкими.
После октябрьских боев в 1917 году на улицах Ташкента в хирургическое отделение городской больницы поступило много раненых. Оперировать пришлось и днем и ночью. Советскую власть Войно-Ясенецкий воспринял как отвечающую народным интересам; декрет о мире вызвал полное его одобрение.
В марте 1917 года семья переехала в Ташкент, где Валентину Феликсовичу предложили должность главного врача городской больницы. Обосновавшись с семьей в просторном доме, специально построенном для главврача, он целиком погрузился в работу. В больнице им было организовано хирургическое отделение Недостатка в больных не было. Шла гражданская война. В больницу доставляли тяжело больных, раненых, и главврача неоднократно ночью поднимали с постели на операцию. И никогда, по свидетельствам коллег, он не возмущался, никогда не отказывал в помощи. Но дома у доктора поселилась беда Медленно угасала жена. Тяжелый недуг отбирал последние силы. Окончательно сокрушила ее весть об аресте мужа.
По клеветническому доносу некоего Андрея, работника морга. Войно- Ясенецкого арестовали. Подоплека этого дела была такова: Валентин Феликсович неоднократно предупреждал своего нерадивого подчиненного, что выгонит его с работы за воровство, пьянство и безделье. Но тут в городе начались аресты противников нового режима, и Андрей решил свести счеты со своим начальником, пустив в ход, явную клевету. Войно-Ясенецкого и его коллегу, молодого хирурга, привели в железнодорожные мастерские, где скорый суд вершила "чрезвычайная тройка". На разбор каждого дела "судьи" тратили не больше трех минут, приговор обычно был один - расстрел. Осужденных выводили через другую дверь и сразу же расстреливали. Два врача просидели перед дверью этого судилища более полусуток. Можно представить себе ужас молодого хирурга Ротенберга, постоянно спрашивавшего учителя: "Почему нас не вызывают? Что это может означать?" На что Валентин Феликсович невозмутимо отвечал: "Вызовут, когда придет время, сидите спокойно".
Поздно вечером в этом "зале смерти" появился видный партиец, который знал главного врача в лицо. Он удивился, увидев здесь знаменитого хирурга, расспросил, что произошло, и вскоре вручил двум врачам пропуска на выход, дав в сопровождение охрану. Вернувшись в отделение, доктор распорядился подготовить больных к операциям, которые были запланированы и чуть было не сорвались из-за неожиданного ареста. Хирург стал к операционному столу и начал операцию, как будто ничего не произошло.
Милостью Божией доктор избежал неминуемой смерти, но этот случай подкосил Анну Васильевну, и до самой смерти она уже не вставала с постели. "Она горела в лихорадке, совсем потеряла сон и очень мучилась, - пишет об этих днях святитель Лука. - Последние тринадцать ночей я сидел у ее смертного одра, а днем работал в больнице . Настала последняя страшная ночь. Чтобы облегчить страдания умирающей, я впрыснул ей шприц морфия, и она заметно успокоилась. Минут через двадцать слышу: "Впрысни еще". Через полчаса это повторилось опять, и в течение двух-трех часов я впрыснул ей много шприцев морфия, далеко превысив допустимую дозу. Но отравляющего действия не видел. Вдруг Аня быстро приподнялась и села и довольно громко сказала: "Позови детей". Пришли дети, и всех она перекрестила, но не целовала, вероятно, боялась заразить. Простившись с детьми, она опять легла, спокойно лежала с закрытыми глазами, и дыхание ее становилось все реже и реже . Настал и последний вздох . Аня умерла тридцати восьми лет. Две ночи я сам читал над гробом Псалтырь, стоя у ног покойной в полном одиночестве. Часа в три второй ночи я читал 112-й псалом, начало которого поется при встрече архиерея в храме . И последние слова псалма поразили и потрясли меня, ибо я с совершенной ясностью и несомненностью воспринял их как слова Самого Бога, обращенные ко мне: «И неплодную вселяет в дом матерью, радующеюся о детях. Господу Богу было ведомо, какой тяжелый и тернистый путь ждет меня, и тотчас после смерти матери моих детей Он Сам позаботился о них и мое тяжелое положение облегчил».