Заботу о детях Войно-Ясенецкого взяла на себя его операционная сестра Софья Сергеевна Велецкая, тоже недавно овдовевшая, которую он поселил в отдельной комнате своего дома.
Выросший в религиозной семье киевского аптекаря, где основными нравственными критериями были человеколюбие, милосердие, подвижничество, постоянно ищущий свое место в жизни, Валентин Феликсович еще в молодости метался между юриспруденцией, живописью, а в зрелые годы — медициной и религией, нередко попадая из-за этого в сложные жизненные ситуации. Как образно и метко отметила писательница И.Грекова: “Линия религиозная у Войно-Ясенецкого тянулась всю жизнь, зародившись еще в юношестве, тянулась, не прерываясь, а лишь истончаясь и уходя на долгие годы в глубину души”.
В середине 1919 года банды атамана Дутова под Оренбургом были разгромлены, блокада Туркестанской республики разорвана, и сразу улучшилось продовольственное положение в Ташкенте. 15 августа 1919 года наконец открывается Высшая краевая медицинская школа, в которой начал преподавать анатомию доктор медицины Войно-Ясенецкий. Символично, что под школу было отведено помещение кафешантана “Буфф”.
В организованном по декрету В.И.Ленина в мае 1920 года Туркестанском Государственном университете открывается медицинский факультет на базе Высшей медицинской школы. Возглавила медицинский факультет большая группа профессоров и преподавателей из Москвы и Петрограда, направленная в Ташкент и прибывшая туда специальным поездом 19 февраля 1919 года. Сотрудниками факультета стали и преподаватели медицинской школы. Доктор медицины Войно-Ясенецкий был утвержден заведующим кафедрой топографической анатомии и оперативной хирургии. Нагрузка заметно прибавилась. Валентин Феликсович с увлечением читал лекции, вел практические занятия.
Все дни недели были загружены до предела, но в воскресенье он оставался один на один с самим собой, со своими невеселыми мыслями о рано потерянной любимой жене, и его тянуло в церковь, к которой он все больше и больше привязывался. Этому способствовало и другое . Он никак не мог понять, почему новая власть много делает для простых людей — развивает здравоохранение, заботится о просвещении, помогает бедным, и в то же время . выступает против религии, в основе которой заложена социальная деятельность: милосердие, помощь страждущим и неимущим.
Для него было непостижимо, почему бывшие верные прихожане грабят, а порой и рушат храмы. Об официальном отношении новой власти к религиозным культам красноречиво свидетельствовали и лозунги, вроде “Поп, помещик и белый генерал — злейшие враги Советской власти”, карикатура в печати, антирелигиозные митинги и манифестации.
А Войно-Ясенецкий все чаще посещает церковь, участвует в религиозных диспутах, сочетая это с интенсивной организационной, лечебной и преподавательской работой.
В январе 1920 года он присутствует на епархиальном съезде духовенства, куда его пригласили как деятельного прихожанина и уважаемого в городе человека. Валентин Феликсович произнес на этом съезде речь, после которой епископ Туркестанский и Ташкентский Иннокентий предложил ему стать священником. И . врач Войно-Ясенецкий согласился. В этом поступке он видел протест против преследования религии. В написанных на склоне лет мемуарах он отмечает: “Это необыкновенное событие посвящения в дьяконы произвело огромную сенсацию в Ташкенте, и ко мне пришли большой группой, во главе с одним профессором, студенты медицинского факультета. Конечно, они не могли понять и оценить моего поступка, ибо сами были далеки от религии. Что поняли бы они, если бы я сказал им, что при виде карнавалов, издевавшихся над Господом нашим Иисусом Христом, мое сердце громко кричало: “Не могу молчать”. Я чувствовал, что мой долг — защитить проповедью оскорбленного Спасителя нашего!”
В начале февраля 1920 года Валентин Феликсович появился в больнице в рясе с наперсным крестом на груди. Не обращая внимания на изумленные взгляды сотрудников, он спокойно прошествовал по коридору, вошел в кабинет, снял рясу, надел белый халат и приступил к обычной работе. Не реагируя на протесты и возмущение некоторых сотрудников и студентов, он продолжал свою лечебную и педагогическую деятельность и одновременно регулярно служил и выступал с проповедями в церкви.
Парадоксально, но именно теперь, после длительного перерыва он начинает снова заниматься научной деятельностью. Но, если раздвинуть исторические рамки, то легко увидеть, что Войно-Ясенецкий не одинок. Такие всемирно известные медики-ученые и общественные деятели, как лауреат Нобелевской премии академик И.П.Павлов, А.Швейцер, Дж.Экклс, лауреат Государственной премии СССР академик С.П.Филатов, были глубоко религиозными людьми, хотя официально никаких церковных должностей не занимали.